Homologiya modelləri həm də struktur olaraq həll edilməmiş əlaqəli zülallar arasında incə fərqləri müəyyən etmək üçün istifadə edilə bilər . Məsələn, metod Na+/K+ ATPase-də kation bağlama yerlərini müəyyən etmək və müxtəlif ATPazların bağlanma yaxınlığı haqqında fərziyyələr irəli sürmək üçün istifadə edilmişdir..
Omologiya modelləri nə üçün istifadə olunur?
Homoloji modelləşdirmə zülalın 3D strukturunu amin turşusu ardıcıllığındantəyin etmək üçün istifadə edilən hesablama strukturunun proqnozlaşdırılması üsullarından biridir. Hesablama strukturunun proqnozlaşdırılması üsullarından ən dəqiqi hesab olunur. O, sadə və tətbiqi asan bir neçə addımdan ibarətdir.
Homoloji modelləşdirmə nədir və nə üçün lazımdır?
Homoloji modelləşdirmə şablon və hədəf ardıcıllıqları arasındakı oxşarlığa əsaslanaraq hədəf zülalın üçölçülü strukturunu əldə edir və membran zülallarının öyrənilməsi zamanı bu texnikanın effektivliyi sübuta yetirilir. … daha yüksək səviyyədə başa düşülməsini təmin etdiyi üçün GPCR kimi kristallaşmaq çətindir.
Omologiya modeli necə edirsiniz?
homoloji modelləşdirmədə bir neçə addım var
- hədəf ardıcıllığınızdan istifadə edərək şablon seçimi. Bu məqsədlə siz bütün mövcud protein strukturlarına (PDB) qarşı BLASTp axtarışı edə bilərsiniz. …
- Şablon və hədəf ardıcıllığının uyğunlaşdırılması. …
- Modelinizin keyfiyyəti. …
- İnkişafmodelinizə uyğun olaraq.
Yaxşı homoloji Modelləşdirməni nə edir?
Əgər "yüksək uğurlu homologiya modeli"ni empirik strukturdan <=2 Å rmsd olan model kimi təyin etsək, o zaman şablon uğur üçün hədəflə >=60% ardıcıllıq eyniliyinə malik olmalıdır. dərəcə >70%. Hətta yüksək ardıcıllıqla eyniləşdirmələrdə (60%-95%), hər on homoloji modeldən birinin rmsd >5 Å vs. var.
