Xromosom konformasiyasının tutulması (3C) əsaslı üsullar xromatin boyunca nöqtə cütlərinin fiziki yaxınlığını təyin etməklə nüvə daxilində xromosom təşkilatını aşkar edir. Onlar xromatinlə qarşılıqlı əlaqəni çarpaz əlaqə, ardınca isə qarşılıqlı təsir edən bölgələrin parçalanması, bağlanması və ardıcıllığı ilə qoruyur.
Xromosom konformasiyasının tutulması necə işləyir?
Xromosom konformasiyasının çipdə tutulması (4C) bir lokus və bütün digər genomik lokuslar arasında qarşılıqlı əlaqəni çəkir. Bu, tərs PCR yerinə yetirmək üçün istifadə olunan öz-özünə dairəvi DNT fraqmentləri yaratmaq üçün ikinci ligasiya addımını əhatə edir. … Bir mikroarrayda təxminən bir milyon qarşılıqlı əlaqə təhlil edilə bilər.
Xromatin konformasiyasının tutulması nədir?
Chromatin Conformation Capture (3C) xromatin strukturunu öyrənmək üçün istifadə edilən mühüm texnikadır, eləcə də bir sıra digər törəmə üsullar üçün əsasdır. … Protokol hüceyrələrin formaldehid çarpaz əlaqəsini, ardınca xromatinin izolyasiyasını və məhdudlaşdırıcı fermentlə həzm olunmasını nəzərdə tutur.
Hi-C ardıcıllığı necə işləyir?
Hi-C yanaşması 3C-Seq-i xromatin kontaktlarının genom üzrə xəritəsini genişləndirir və o, həmçinin in situ xromatin qarşılıqlı təsirlərinin öyrənilməsi üçün tətbiq edilib. Bu üsulda DNT-zülal kompleksləri formaldehidlə çarpaz bağlıdır. Nümunə parçalanır və DNT ekstraksiya edilir, bağlanır və məhdudlaşdırıcı fermentlərlə həzm olunur.
Hi-C texnikası nədir?
Klassik Hi-C texnikası formaldehid çarpaz bağlı genomun ardıcıl xüsusi məhdudlaşdırıcı fermentlərləməhdudlaşdıran həzmini, ardınca həzm olunan ucların daxil edilməsi ilə doldurulmasını və təmirini əhatə edir. biotinlə əlaqəli nukleotidlər. Təmir edilmiş uclar daha sonra yenidən bağlanır.
